In 1650 verlieten vijf families Europa om uit te komen in een gebied dat ooit uit zou groeien tot Gotham River. Die families; Wayne, Cobblepot, Elliot, Arkham en Kane, zouden samen een groot fort bouwen en de basis leggen voor hun dominantie in het gebied. Gotham City is geboren.
De stad groeide snel uit zijn voegen en ontwikkelde vijf stadsdelen. In elk stadsdeel vond één van de vijf families een thuis. In de begindagen waren de Kanes te vinden in de haven van Gotham (nu bekend als Historic Gotham). De familie wist zich te verbinden aan de militaire macht en bouwde schepen en wapens om oorlog mee te voeren. In de jaren 1850 was Gotham een belangrijk handelscentrum dat werd geholpen door de industrie van Cobblepot in het zuiden van Gotham City.
Gotham transformeerde met de tijd. In de jaren 1920 kregen de Elliots de controle over massa media en bouwde de familie Downtown Gotham met een nieuw art deco imago. In de jaren 1960 werd Gotham een waar hoogstandje van industrie en architectuur. De Arkhams zaten in North Gotham en bouwden hun fameuze asylum (ja, het gebouw zit in de game, nee niet zoals je het eerder hebt gezien). De Waynes investeerden hun miljarden in New Gotham waardoor de stad op technologisch vlak kon doorgroeien.
Dat brengt ons in het hedendaagse Gotham dat je in Gotham Knights zal ontdekken. Een open wereld die vol zit met geschiedenis en neon licht. Warner Bros. Games Montreal hebben deze geschiedenis speciaal gemaakt voor de game. Het resulteert in een volledig nieuwe versie van Gotham City.
Het dient niet alleen als aankleding, want de tijdlijn geeft extra informatie bij het verhaal, de gameplay en de Court of Owls. Het team heeft niet een open wereld gemaakt om in te spelen, het heeft geprobeerd om een