Директор по анимации Assassin's Creed III Джонатан Купер рассказал о том, как развивались технологии при работе над проектом. Он отметил, что команде нужно было обновить анимацию, несмотря на технические ограничения старого поколения консолей. Первым делом создатели взялись за боевую систему — они добавили дополнительные «углы съёмки» и лицевые анимации.
Но главным образом сражения изменились благодаря тренировкам и репетициям актёров, которые разыгрывали битвы для записи движений. Ранее за процессом следили и сами аниматоры, позже разбирая результат для игры. Новые анимации были созданы и для паркура — все движения должны были совпадать друг с другом, чтобы не возникало диссонанса.
Длинные прыжки из прошлого заменили на разнообразные действия вроде скольжения, позволяющие огибать препятствия. Обновление коснулось и самих убийств, которые пересобрали фактически «с нуля», используя тот же подход к анимации, что и в остальной игре. Это было сделано для того, чтобы движения героя смотрелись более плавно и естественно. Ещё авторы понимали, что сеттинг позволяет им создать разные модели животных, с которыми будет взаимодействовать герой.
Предполагалось, что милое поведение зверей «в естественной среде» могло подтолкнуть игрока к тому, чтобы тот не убивал их бездумным образом. А система паркура в определённой степени применялась и к некоторым хищникам. Напоследок Купер отметил и обновлённую систему физики тела, которая значительно усложнилась по сравнению с предыдущими частями.