Несмотря на все свои многочисленные достоинства, в Metroid Dread все же есть и недостатки. Так, игроки могут столкнуться с ошибкой, ломающей весь прогресс.
Ближе к концу приключения Самус необходимо уничтожить дверь, но если она сделает это в тот момент, когда маркер этой самой двери есть на карте, игра сразу закроется и выдаст сообщение: «Программа была закрыта из-за возникшей ошибки».
Nintendo знает об этой ошибке и работает над ее исправлением, а до тех пор, компания рекомендует сначала убирать маркер двери с карты, а уже потом ее уничтожать.