The Callisto Protocol zal een nieuw stuk DLC ontvangen genaamd Final Transmission. Het wordt gelanceerd als een tijdelijke exclusieve op PlayStation gedurende 48 uur op 27 juni, waarna het op 29 juni op alle andere platforms wordt uitgebracht.
Striking Distance Studios plaatste een korte teasertrailer waarin protagonist Jacob Lee wakker wordt en een grote robot tegenkomt die op hem afkomt. De studio noemt het een «hartversnellend laatste hoofdstuk», wat aangeeft dat dit mogelijk de enige verhaal-DLC van het spel is. Het is echter mogelijk dat er in de toekomst meer niet-verhaal-DLC wordt toegevoegd.
Sinds de release in december heeft The Callisto Protocol tal van updates ontvangen. In februari kreeg het spel een officiële hardcore modus en enkele Outer Way skins. In maart werd er een Permadeath modus toegevoegd, evenals nieuwe doodanimaties en skins. Vorige maand kreeg het spel de golfgebaseerde Riot modus waarin spelers het moeten opnemen tegen steeds moeilijker wordende golven van vijanden.
Helaas presteerde The Callisto Protocol naar verluidt ook ondermaats qua verkoop bij de release.