Как и в предыдущих частях серии, Far Cry 6 можно завершить довольно быстро, если игроки не против плохой концовки. У игры есть альтернативный финал, хотя игрокам придется сделать немного больше, чем просто сидеть на стульях и ждать, как в Far Cry 4, или уйти, как в Far Cry 5.
Альтернативный финал Far Cry 6 происходит после завершения Libertad Rises, одной из первых операций в игре. После завершения миссии и просмотра нескольких роликов игрокам предоставляется выбор: либо остаться с сопротивлением, либо бежать в Америку и жить в залитом солнцем Майами. Естественно, игра указывает игрокам на битву с помощью путевой точки, но некоторое время ведя лодку в противоположном направлении, вы быстро переходите в черный цвет. Сразу после этого игра