Десятилетия радиоактивного загрязнения привели к появлению новой инфекции. Мутировавший грибок начал заражать животных, которые в результате стали агрессивными и опасными. Инфекция распространилась по пустоши и угрожает выживанию колонистов. Чтобы найти лекарство от болезни, игрокам придется собирать образцы зараженных материалов, изучать их в новом исследовательском здании и делать открытия, чтобы разблокировать другие здания, ресурсы и улучшения.
Время превратить эту бесплодную землю в плодородную почву! С помощью терраформирования геймеры смогут вдохнуть новую жизнь в окружающую среду. Карта покроется зеленой растительностью, и на ней появятся животные. Но также в районах, которые будут терраформированы, могут появиться агрессивные монстры-вредители, представляющие опасность для колонистов.
Кроме того, в Surviving the Aftermath добавлены три новых здания с возможностью модернизации, а также лаборатория по борьбе с болезнями с собственным деревом исследований. От небольших загрязнений поможет избавиться станция очистки, которую можно усовершенствовать, чтобы очищать зараженные гнезда, ульи и логова. Возможности модернизации будут также у терраформера, станции защиты и поста охраны.